Początkowo John Dykstra, zdobywca Oscara za efekty specjalne do drugiej części przygód "Spidermana" miał zająć się efektami także w trzeciej części, lecz wycofał się z projektu by podjąć pracę nad filmem "Hot Wheels". Zastąpił go Scott Stokdyk.
Początkowo postać grana przez Dylana Bakera miała zamienić się w Lizarda i być głównym przeciwnikiem Spider-Mana.
W scenie, gdy Spider-Man próbuje pięścią uderzyć Sandmana w klatkę piersiową, a ręka przenika przez niego, nie zagrał Tobey Maguire, a Baxter Humby - bokser, którego prawe przedramię zostało amputowane zaraz po urodzeniu. Fakt ten znacznie ułatwił sprawę specom od efektów specjalnych.
Kompozytor Danny Elfman zrezygnował z napisania muzyki do filmu. Uzasadniając swoją decyzję wytłumaczył wszystkim, iż jest to spowodowane różnicami zdań z reżyserem, jakie pojawiły się w czasie realizacji dwóch pierwszych części przygód Spider-Mana.
Gość siedzący za Peterem i Gwen w klubie jazzowym to Willem Dafoe.
Kompozytor Christopher Young pojawia się w filmie jako gracz na fortepianie obok Mary Jane Watson podczas próby generalnej.
Elisha Cuthbert i Scarlett Johansson były brane pod uwagę do roli Gwen Stacy.
Kiedy Peter przychodzi do domu Harry'ego, by z nim walczyć, ma włosy spuszczone na czoło. W trakcie walki ma idealnie zaczesane włosy.
W czasie sceny walki z Sandmanem w samochodzie opancerzonym za oknem widać budynek Terminal Tower. Budynek ten znajduje się w Cleveland w Ohio. Tymczasem akcja filmu ma mieć miejsce w Nowym Jorku.
Kiedy Spider-Man walczy z wirusem na dzwonnicy wyraźnie widać, że pada deszcz. Tymczasem, kiedy widzimy znajdującego się w tym samym czasie w tym samym kościele Eddie'ego Brocka za oknem jest jasno i świeci słońce.
W scenie, kiedy Peter odwiedza swoją ciocię i mówi jej, że zamierza się oświadczyć MJ, May nalewa mu herbaty i idzie do lodówki po mleko, ale gdy się przyjrzeć dokładnie, wyciąga tak naprawdę sok pomarańczowy. W następnym ujęciu na stole nie ma żadnego soku, a May nalewa mleka do herbaty.
W scenie na moście (w pierwszym ujęciu), kiedy M.J. odchodzi Peter w jednej ręce zaciska pierścionek zaręczynowy. W następnym ujęciu jego ręka jest pusta.
Magnesy na tablicy w biurze J.J. zmieniają swoje położenie między ujęciami.
W scenie na moście w pierwszym ujęciu Mary Jane ma odsłonięte uszy. Jednak na zbliżeniach jej uszy są całkowicie zakryte przez luźno opadające włosy.
W kilku scenach widać pod ubraniem Petera fragment kostiumu Spider-Mana. Jednak na tym wystającym fragmencie kostiumu logo pająka jest mniejsze i wyżej usytuowane niż w chwili gdy Peter zrzuca ubranie.
Kiedy ciocia May przychodzi do Petera, nie ma żadnych problemów z otwarciem drzwi, mimo że przez cały film wszyscy je mają, nawet Peter.
Naklejki na biurku w biurze J.J. mają inne położenie, kiedy wchodzi tam Peter, a inne, kiedy Eddie i Peter wychodzą.
W scenie, kiedy Harry leży w szpitalu jego koszula jest wystarczająco rozpięta, by zobaczyć jego brodawkę, lecz w następnym ujęciu brodawka jest już zakryta.
Całe ciało Flinta Marco przeobraziło się w piasek. Stało się tak także ze wszystkimi metalowymi przedmiotami, które miał przy sobie w tym także ze sprzączką paska. Jednak zawieszka ze zdjęciami córki Flinta okazała się odporna na reakcję. To wyjątkowa niekonsekwencja twórców.
Kiedy Peter podchodzi do M. J. po jej pierwszym występie, jej ręce zmieniają ułożenie między ujęciami (raz są na ramionach Petera, raz nie).
W scenie, w której Peter przychodzi do Harry'ego z prośbą o pomoc w uratowaniu M.J., krzesło stoi po lewej stronie portretu ojca Harry'ego. W kolejnych ujęciach w tej scenie w ogóle nie ma krzesła.
Kiedy Mary Jane zatrzymuje taksówkę jest za nią para. Między ujęciami nagle znika.
Kiedy ramię dźwigu niszczy biuro uszkadza filar. Jednakże z zewnątrz widzimy, że filar jest nienaruszony.
Tuż przed tym, jak Sandman wpadł do kanalizacji wypuścił z rąk garść banknotów. W następnych ujęciach pieniądze zniknęły.
W scenie, kiedy taksówka wisi na wielkiej sieci hawajska laleczka zmienia umiejscowienia między ujęciami.
W scenie pościgu opancerzona ciężarówka jest pusta w środku. Natomiast w poprzednich ujęciach widać, że jest załadowana.
Podczas finałowej walki Venoma ze Spidermanem ilość rur diametralnie zmienia się w kolejnych ujęciach.
W pewnej scenie Harry leży w łóżku. Ma wtedy odpiętą piżamę. W kolejnych ujęciach piżama jest już zapięta.
W jednej scenie opancerzona ciężarówka zatrzymuje się tuż przed pasami. W kolejnych ujęciach widzimy, że stoi na ich środku.
W jednej scenie Harry leży nieprzytomny w alejce. Jego nogi zmieniają wtedy swoją pozycję między ujęciami.
W jednej ze scen Peter jest w biurze swojego szefa. Widzimy wtedy szklankę wody oraz pusty kubek. W kolejnych ujęciach szklanka znika, a w kubku pojawiają się ołówki.
W pewnej scenie szef Petera krzyczy na swoją sekretarkę. Trzyma wtedy cygaro. W kolejnych ujęciach cygaro znika.
W jednej ze scen Sandman odnajduje medalik ze zdjęciem córki. Jego cień wtedy diametralnie zmienia swój kształt.
Kiedy opancerzona ciężarówka wywraca się można zobaczyć obok niej taksówkę. Między ujęciami auto znika.
Kiedy Peter opuszcza teatr widzimy kobietę z bukietem kwiatów. Między ujęciami kobieta znika.
W jednej ze scen Eddie jest w wieży zegarowej. Wtedy rzuca kurtkę na swoją prawą stronę. Chwilę później kurtka leży po jego lewej stronie.
Kiedy Eddie wchodzi do biura sekretarka wstaje i bierze do ręki telefon. W następnym ujęciu telefon znika.
Kiedy Gwen ześlizguje się z walącego wieżowca jest skierowana twarzą do góry. Chwilę później widzimy, że ześlizguje się skierowana twarzą w dół.
W jednej ze scen Eddie przemienia się w Venoma. Jego zegarek jest wtedy zawieszony na lewej ręce. Chwilę później zegarek jest już na prawej.
Kiedy Sandman leży w kanale możemy zobaczyć torbę pieniędzy tuż obok kałuży. W kolejnych ujęciach paczka jest już z dala od kałuży.
Kiedy szef Petera otrzymuje lekcję marketingu w jego biurze widzimy szklankę. W kolejnych ujęciach poziom wody ciągle w niej rośnie.
W jednej ze scen Venom trzyma przyłożone do gardła Petera ostrze. Między ujęciami ostrze zmienia swoje umiejscowienie, chociaż Venom nie wykonał żadnego ruchu.
Kiedy symbiont przygotowuje się do zaatakowania Petera Parkera można dostrzec cień kamery.
Podczas finałowej sceny walki Mary Jane ma na sobie krawat. Między ujęciami zmienia się rodzaj jego wiązania.
Kiedy Harry leży nieprzytomny i Peter Parker próbuje go ocucić, głowa Harry'ego diametralnie zmienia swoją pozycję, chociaż Peter jej nie ruszał.
W jednej scenie Harry i Peter biją się w domu Harry'ego. W pewnym momencie Peter podskakuje z ziemi i wstaje. Wtedy można dostrzec linę asekuracyjną przypiętą do jego pleców.
Podczas finałowej sceny walki Peter Parker ma na sobie rozdartą maskę. W kolejnych ujęciach stopień rozdarcia raz się zwiększa, a raz zmniejsza.
W jednej ze scen Peter Parker bierze Gwen Stacy do klubu jazzowego. W pewnym momencie Peter zaczyna tańczyć, a w tle słyszymy perkusję. Wtedy możemy zobaczyć, że perkusista nawet nie dotknął swojego instrumentu.
W pewnej scenie Peter uderza w mur z cegieł. Wokół jego lewego ramienia tworzy się wtedy duża dziura. Natomiast w następnym ujęciu dziura jest znacznie mniejsza.
Kiedy Mary Jane w teatrze śpiewa pierwsze linijki piosenki, na widowni zaczyna się aplauz. W następnej scenie mimo że nie widać nikogo klaszczącego nadal słychać odgłosy oklasków.
W klubie jazzowym, gdy Mary Jane wchodzi na scenę ma na sobie wysokie obcasy, które między ujęciami zamieniają się na płaskie podeszwy.
Kiedy Harry podczas koncertu Mary Jane spogląda na Petera ten śpiewa pod nosem to co dziewczyna, jednak po ruchach ust widać, że wyśpiewuje inne słowa.
Zdjęcia do filmu zrealizowano w Los Angeles, Pasadenie, Culver City, Beverly Hills, Santa Clarita (Kalifornia, USA), Nowym Jorku (Nowy Jork, USA) oraz w Chicago (Illinois, USA) i Cleveland (Ohio, USA).
Ze względów finansowych (zbyt wysokie ceny kręcenia w Nowym Jorku), część zdjęć - moment, gdy Spider-Man zwisa z tyłu opancerzonej furgonetki - zrealizowano w centrum Cleveland (stan Ohio).
Przygotowanie jednego kostiumu Spider-Mana trwało 200 godzin, a podczas realizacji filmu potrzebnych było aż 40 takich kostiumów.
Na potrzeby sceny, w której Peter i M.J. spędzają romantyczny wieczór na olbrzymiej pajęczynie rozpiętej pod gwiazdami, skonstruowano sieć o wymiarach
8 m x 10 m. Prace nad nią trwały przez dwa miesiące.
W scenie walki między Spider-Manem i Sandmanem, w chwili gdy ten drugi zostaje uderzony silnym strumieniem wody, zużyto jej ok. 200 000 litrów. Widoczny jest wtedy szeroki na prawie dwa metry słup wody, która była pompowana za pomocą sprzętu pompującego w ilościach ok. 12 000 litrów na minutę.
Film miał ustaloną datę premiery jeszcze zanim do kin weszła część druga.
Thomas Haden Church ćwiczył przez 16 miesięcy, aby fizycznie sprostać wymogom do roli Sandmana.
Bazując na wypowiedzi Granta Curtisa, we wczesnym stadium produkcji zakładano, że to Sęp (Vulture) będzie w "trójce" głównym rywalem Spider-Mana, jednak ostatecznie zdecydowano się na Venoma.
Zdjęcia do filmu kręcono z przerwami od 16 stycznia do września 2006 roku.
Zostało nakręconych wiele scen, które nie zostały wydane na DVD, m.in. Peter w czarnym kostiumie zwalczający i wieszający przestępców, momenty budujące charakter, konfrontacja pomiędzy kapitanem Stacy i Eddiem Brockiem, kiedy Gwen rzuca go w domu swojego ojca oraz scena, podczas której Peter wystraszył się na widok koszmarnie wyglądającego i krzyczącego na niego z odbicia w lustrze Venoma.