Według pierwotnego zamysłu Alejandro Amenábara role w filmie otrzymać mieli Rachel Weisz, Sacha Baron Cohen i Jonathan Rhys Meyers. Jednak tylko Weisz przyjęła propozycję udziału w produkcji. Baron Cohen odrzucił rolę, twierdząc, że jest ona "zbyt drażliwa i spowodowałaby ból".
W filmie Synesius przeżył Hypatię. W rzeczywistości zmarł on w 413 roku, czyli 2 lata przed śmiercią Hypatii.
W czasie rzezi Żydów na ulicach Aleksandrii widoczna jest opuncja - roślina, która pojawiła się w regionie śródziemnomorskim dopiero po odkryciu Ameryki, czyli ponad 1000 lat po wydarzeniach przedstawionych w filmie.
Zdjęcia satelitarne oraz zdjęcia z lotu ptaka wykorzystane w filmie mają pokazywać Ziemię oraz Aleksandrię z początku V wieku naszej ery. Na zdjęciach tych jednak widoczne są: Kanał Sueski, Wysoka Tama, Jezioro Nasera oraz Jeziora Toszka (wszystkie powstałe dopiero w XIX lub XX wieku).
W jednej ze scen widoczna jest rzeźba "Wilczycy kapitolińskiej" wraz z postaciami Romulusa i Remusa. Jednak posągi braci zostały dodane do rzeźby dopiero pod koniec XV wieku naszej ery (czyli ponad 1000 lat po wydarzeniach przedstawionych w filmie). W przypadku pomnika samej wilczycy - istnieją wątpliwości co do tego, czy powstał on w V w. p. n. e. czy dopiero w XIII n. e.
W filmie dwukrotnie widoczny jest pies faraona. Wbrew sugestywnej nazwie, gatunek ten nie pochodzi z Egiptu lecz z Malty (gdzie kręcono "Agorę") i został rozpoznany dopiero w 1647 roku. Nie był zatem znany w czasach, które przedstawiono w produkcji.
Hypatia urodziła się między 350 a 370 r. n. e. i została zamordowana w roku 415. W chwili śmierci miała zatem od 45 do 65 lat, podczas gdy w ostatniej scenie filmu wciąż jest jeszcze młodą kobietą.
W filmie biskup Synezjusz potępia dzieła Hypatii i odmawia jej wsparcia, uprzednio zrywając z nią wszelkie kontakty. W rzeczywistości, podobnie jak wielu innych ówczesnych chrześcijańskich uczonych, Synezjusz bronił naukowej reputacji Hypatii. Utrzymywał z nią również kontakt korespondencyjny.
Na zamieszczonych w filmie zdjęciach satelitarnych przedstawiających Ziemię z perspektywy kosmosu widać migoczące gwiazdy. Migotanie gwiazd jest spowodowane tym, że ich światło zostaje zakłócone podczas przechodzenia przez atmosferę. W związku z tym gwiazdy widziane z kosmosu nie powinny migotać.
Stroje rzymskich żołnierzy przedstawione w filmie nie odpowiadają prawdziwym wojskowym ubraniom z tamtego okresu, są przestarzałe.
Film kręcono w Kalkarze, Marsaxlokk, Mdinie i Valletcie (Malta).
Zdjęcia do filmu trwały od 17 marca do 27 czerwca 2008 roku.
Dekoracje do filmu zostały wybudowane w Forcie Ricasoli na Malcie, w tym samym miejscu, w którym zbudowano Koloseum do filmu "Gladiator" z 2000 r.
Czasami zdjęcia opóźniały się z powodu pobliskich kościołów w Kalkara, Vittoriosa, których dzwony biły w południe. Wszystko w celu uniknięcia błędów - były słyszane na planie filmu.
Zespół pracujący nad efektami wizualnymi w filmie zaprojektował nocne niebo w ten sposób, żeby wyglądało dokładnie tak, jak wyglądało w czasach przedstawionych w filmie. Użyto do tego specjalnego programu do tworzenia map nieba.